A ver, PHP sirve para generar HTML que luego se muestra en el navegador. Por lo tanto, los buscadores (que no son otra cosa que navegadores) no verán PHP, sino el código generado.
Yo uso includes PHP para generar los metatags, y prácticamente todo el texto de algunas webs, y nunca he tenido problemas porque lo único importante es el HTML resultante, no como lo crees.
Eso si, las variables PHP suelen llamarse $alguna_cosa, no _alguna_cosa
