eso sucede porque no hay una relación evidente entre un campo y otro, ya que al usar índices automáticos se evita este tipo de relación....
justamente la solución sería relacionar ambos campos con algún índice incremental, tipo:
Código HTML:
<input name="caja[99]" type="checkbox" id="caja_99" value="1" /><input type="text" value="3" name="IdSucCli[99]" size="10"/>