Ahi 2 formas muy utiles para Encriptar MD5 y SHA1 lo que puedes hacer es como comentaba jotaincubus...
Código PHP:
// Almacenar Usuario y contraseña
$usuario = $_POST['usuario'];
$contrasena = md5($_POST['contrasena']);
$sql = "INSERT INTO tabla (usuario, contrasena) VALUES ('".$usuario."','".$contrasena."')";
// Validar inicio de Sesion
$usuario = $_POST['usuario'];
$contrasena = md5($_POST['contrasena']);
$sql = "SELECT * FROM tabla WHERE usuario='".$usuario."' AND contrasena='".$contrasena."'";