con exec ejecutas tu script y este puede ser de 2 modos, aki un ejemplo con mysql
//metodo 1 detiene bases de datos y realiza copia de los archivos
//en otra carpeta, terminando otra vez reinicia el servidor
//rsync solo ara la copia de los archivos modificados
archivo metodo1.sh
#genera respaldo de hoy
/etc/init.d/mysqld stop
rsync -vrplogDtH /var/lib/mysql /respaldo/servidor/mysql/data
/etc/init.d/mysqld start
metodo 2:
Código PHP:
$comando="mysqldump --user=$usuario --password=$pass --databases $mi_bd> /PATH/TO/MI-RESPALDO.SQL";
shell_exec($comando);
solo acoplalo a la BD que necesites