Cita: pero si son los scripts de los sistemas como el mysql front y el sglyog son cerrados, si tengo que modificar algo de ellos la verdad no se como hacerlos ni en donde.
Ni podrías, si no son Open Source...
Lo que debes hacer es buscar una versión de
MySQL Front o
Sqlyog que trabaje con PHP5.
Si ninguna de estas últimas versiones funciona bien, es conveneinte que la reemplaces con alguna otra aplicación que si pueda funcionar.