Hola, la verdad es que trabajar con escenas en Flash no es recomendable pero con 50 escenas ¡es una locura! Pero si no te convence lo que te digo mira lo que dice la gente de Adobe (la parte de desventajas de trabajar con escenas):
http://help.adobe.com/es_ES/Flash/10...af6-7eb3a.html
Te recomiendo reformular el proyecto
saludos