En vez de un campo oculto, utiliza un checkbox, en el .tpl coloca la etiqueta
WARNING_HIDDEN_FIELD antes de los botones y el reemplazo seria:
Código PHP:
Ver original$tpl->assign(WARNING_HIDDEN_FIELD, '<input type="checkbox" name="duplicado" value="1" /> El registro ya existe, marca la casilla para insertarlo nuevamente.');
// Y cuando procesas el formulario y el registro se va a duplicar verificas si se marco la casilla:
if(isset($_POST['duplicado']) && $_POST['duplicado'] == 1) { // Entonces se puede insertar sin problema
}