el paso de variables por referencia
afecta a la variable no al valor de retorno (return), no te estás fijando bien en el resultado que te está devolviendo
(la parte en rojo):
echo "<p>retorno= ".prueba2($otra_variable_externa).'
original='.$otra_variable_externa."</p>";
el retorno siempre será igual, lo que cambia es que puedes alterar el contenido de la variable externa a la función, porque el paso por referencias lo que hace es pasar el
puntero en memoria y no copia del contenido de la misma, es un concepto básico (y heredado) del lenguaje
C