Hola yoyoyo82, creo que el error esta en el inicializar en 0 el var resta, ademas que no manejas bien el recorrido del arreglo, espero que de esta manera te de el resultado deseado:
    
Código Javascript
:
Ver originalfunction presta6()
{
 
var arrayValores = new Array(); 
arrayValores[0]=parseFloat(document.getElementById('prestamo').value); 
arrayValores[1]=parseFloat(document.getElementById('capital').value); 
arrayValores[2]=parseFloat(document.getElementById('adelantos').value); 
var resta=arrayValores[0]; 
for (ix=1; ix<arrayValores.length; ix++){ 
resta -=(arrayValores[ix]);
} 
document.getElementById('saldof').value= resta; 
}