Para codificar/decodificar en base64 podés usar esta utilidad:
http://www.webtoolkit.info/javascript-base64.html
También hay navegadores que dan soporte nativo a este tipo de codificación con las funciones btoa (codificar) y atob (decodificar). (Casi todos menos... Adivinaste: IE)
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var cad='lo que sea',pp;
alert(pp=btoa(cad));
alert(atob(pp));
</script>