Si te entiendo .. es que pensé que el programa te daba la opcion al abrir el documento.
 
Pero no desesperes que si se puede hacer lo que necesitas ... 
Abre el documento y como bien dices tu te reemplazará automaticamente la tipografía por la "
Myriad" 
Ve al menu 
Texto > Buscar Fuente
Te aparecerá una ventana donde te muestra las fuentes que estas utilizando en tu documento y con un asterisco (
*) la que no se encuentra.  
 
En la parte de abajo dice 
Reemplazar con fuente de... ahi selecciona 
Sistema y luego presionas el botón 
Buscar.
Esperas un momento ya que esta escaneando todas las fuentes que tienes instaladas y al terminar te aparacerá la lista completa. 
Ahora que ya te aparecieron todas las fuentes, en la parte de arriba selecciona la que no esta instalada en el sistema (*) y en la parte de abajo selecciona una con la cual quieres reemplazar aquella fuente y presiona 
Hecho. 
Eso sería todo...
Espero que hayas comprendido... 
Saludos amigo !!