exelente la solucion que me propones y muy funcional,
ya lo que hice fue crear una etiqueta script, al momento de crear el campo, y este script contienen la funcion jquery que ejecuta a outocomplete, de esta forma    
Código Javascript
:
Ver originalvar td1 = document.createElement("TD");
    td1.appendChild(document.createElement("<input type=\"text\" id=\"animal\" name=\"cliente["+t+"]\"size=\"25\"/>"));
 
var div = document.createElement('script');
div.type = 'type/javascript';
div.src= 'js/funcion_jquery.js';
  
y la funcion_jquery, tiene    
Código Javascript
:
Ver original$(function() {  
    $("#animal").autocomplete({  
        source: "auto_comple.php?getAnimales=1",  
        select: function(event, ui) {  
        }  
    });  
});
  
y esta funcionando, de echos de las dos formas..
si alguien tienen un problema similar pos ahi tienen la solucion