Que tal chechu_, mas alla de la seguridad, la ventaja es la portabilidad y que el API es orientada a objetos y lo que tu llamas "clasico", para mi es "obsoleto", son funciones de php 4, yo te sugiero que en la medida de lo posible utilices PDO sobre el set de funciones mysql_*.
@abimael lo has testado ?, tengo entendido que es mas lento, pero no lo se con certeza, a ver quien se anima y tira los bench's
