Normalmente se suelen colocar las clases en packages dentro de la carpeta Java Source, de manera que tengas tus clases organizadas. Si quieres más info:
http://programacion.com/java/tutorial/java_basico/30/
Te recomiendo que te crees un package y que añadas ahi tu clase (el archivo .java, el .class te lo creará en la carpeta WEB-INF/classes) .
saludos