Puedes trabajar con iframes para el contenido central. Sólo es cuestión de declararlo y especificar de donde vas a obtener la primera página a cargar. Aunque también tendrías que modificar los flash's para que (porque supongo que ahí tienes los vínculos ¿no?) los vínculos se cargaran en los iframes. Aunque el problema sería que no se indexaría el contenido muy fácilmente, porque el robot no sigue vínculos flash, tendrías que tener un sitemap.
Saludos!
