Hola de nuevo Herni_Hdez:
Tal como lo intuyes en tu post, el motivo principal para utilizar JOIN's en lugar de listar tus tablas en el FROM y hacer las uniones en el WHERE es por cuestiones de rendimiento, aunque el resultado es el mismo, el performance sobre todo cuando manejas volúmenes de información grandes es infinitamente superior con el JOIN.
con respecto al libro, sinceramente te recomendaría que buscaras alguna otra ayuda, ya que la versión de MySQL a que hace referencia es bastante antigua y por lo tanto obsoleta. ¿Por qué no acudes a la documentación oficial de MySQL?
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/index.html
Saludos
Leo