para empezar aclaremos conceptos: java y
javascript no es lo mismo.
como tu mismo indicas, el código anterior no tiene pies ni cabeza, ni nada de lógica, ten en cuenta que no puedes
invocar php directamente desde javascript, pero si puedes
dumpear código javascript desde php.
lo que necesitas si podría resultar si haces uso de la técnica llamada
AJAX, en donde haces el ciclo con javascript y al momento de que el usuario confirme,
envías una petición HTTP vía AJAX hacia PHP para que éste borre el registro (sin recargar la página como lo haría un submit normal), investiga sobre el tema y te darás cuenta de que es lo que necesitas, suerte