duda includes

[joseluisq]

para la primera pregunta:
por lo que entiendo, tienes un archivo index en el root / en el cargas el html de un directorio.
ese html hace referencia a css, js, imagenes, etc
pues bien, lo que pasa es que al hacer include en el archivo index del root / practicamente tu directorio base es el root/ entonces, si en tu html tiene esto
<script src="script.js">
luego de incluir tu html en el index.php estas asumiendo que tienes un archivo script.js en el root /script.js
lo correcto es que como tienes una carpeta donde esta el html con sus recursos, es incluir en el path tambien el sombre de esa carpeta
es decir
<script src="TU_CARPETA/script.js"> entonces viendolo desde el punto de vista del root
cuando haces el include quedaria asi el path de forma logica:
/TU_CARPETA/script.js

no se si era eso lo que necesitabas aclarar.

con respecto a la segunda pregunta no se a que te refieres, se más especifico..