Cita: cuando se abre la segunda ventana se queda como transparente, mientras que el bucle en consola funciona bien.
Si el bucle funciona bien (sigo sin saber como pretendes terminarlos) tu problema está en que no manejas bien el repintado (o como se diga) del JFrame.
Vamos, que creo que no es un problema de hilos, sino de JFrames. Busca información sobre el paint(), repaint() y no sé si algún otro método.