Creo que Ctrl+E no es lo que andas buscando.
Ese comando es para unir dos o más capas pero no para formar intersecciones.
Por lo que entiendo tú necesitas hacer esto.
Con la herramienta de formas (U) haz la figuras.
Ahora con la herramienta
Path Selection Tool (A) selecciona el circulo.
Verás que en el menu por defecto te dice
Exclude Overlapping Shape Areas (Excluir áreas de forma superpuestas), tienes que seleccionar la primera opción, osea,
Add To Shape Area y luego presionar el botón
Combine.
Asi obtendras solo una forma a la cual puedes agregar un stroke sin que se monte sobre la otra figura.
Saludos !!