Bueno, luego de hurgar un poco en la base de datos de bugs de MySQL encontré que aparentemente es un problema causado por un bug en Jasper iReport, y no a causa de MySQL.
Aparentemente Jasper IReport tiene un defecto en el uso de llamadas a ciertas funciones en versiones de MySLQ posteriores a la 4.1.x (muy vieja, por cierto), y la solución sugerida es usar el MySQLConnector/J del propio MySQL, el cual evitaría este inconveniente.
Ver:
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=22314