Cita: Hay alguna forma de hacerlo desde MySQL?
¿Y con qué crees que lo estás haciendo al ejecutar esa sentencia?
1) No puedes resetear el contador si hay datos en la tabla.
2) No es conveniente resetear contadores:
Renumerar un campo auto_increment
Si esto último no contempla lo que quieres hacer, entonces explicalo un poco mejor, porque eso es lo que pareces querer hacer.