a ver, no esoy seguro de haberte entendido, pero creo que te refieres a hacer que un iframe dentro de un iframe cambie su direccion, si es así puedes cambiarlo, supongamos que el el iframe principal se llama "principal" y el secundario se llama "secundario"
<a href='javascript
:;' onclick="document.principal.secundario.location.hr ef='http://google.cl';">clic</a>
probado!
si no era eso, puedes hacer que tu pregunta se entienda mejor con un screenshot