buenas,
javascript es independiente del lenguaje de servidor. notese que los lenguajes de servidor en ultima generan codigo html de modo que el navegador no tiene idea de si el servidor al que se conecta esta usando asp, .net, jsp, python, php. o sea, javascript puede ser incluido en cualquier lenguaje de servidor porque el fin de estos lenguajes es servir documentos html.
la segunda duda la encuentro muy ambigüa. si descargas jquery, seguramente este ya viene con la extension *.js. por tanto, no se a que exactamente te refieres.
