usa los argumentos (args), esto es lo que usan programas como msn y los navegadores web, todo lo que debes hacer es ejecutar el programa de esta forma:
miprograma.exe argumento1 argumento2 argumentox
iexplore.exe yahoo.es google.cl
luego puedes adquirir estos argumentos en tu programa, dependiendo de tu programa es como lo puedes adquirir, busca por "argumentos" o "args" en el lenguaje que estés usando.
En esta página podrías encontrar como hacerlo con C#:
http://www.dotnetperls.com/main