Comparación entre registros de un BD

[zibor]

la tabla que quiero sincronizar a otra BD, es de documentacion por lo que lo unico que no se repite en una misma tabla son los IDs. Por eso comparo entre IDs y en el caso de que sean iguales, comparo por fecha_modificación...

En el codigo que he puesto antes, he hecho un select de todos los registros de la primera tabla y guardados en un array, lo mismo con la misma tabla de la otra BD y con bucles he ido recorriendo dichos arrays e ir comparando ids y fecha_modificacion.... pero será que en mi planteamiento no es correcto, pues no logro conseguirlo...