Lo primero es evitar usar diferentes idiomas. Claro está, entiendo que estás usando un framework en ingles como Zend, pero es bueno que todo lo hagas en ingles, si vas a hacer un framework entonces que todo sea en español si es lo que deseas. Lo otro lo importante es que los nombres sean lo mejor descriptivos posible, aunque tiendan a ser cortos, para dar a entender donde se encuentra el código que deseas buscar. En una de varias aplicaciones que estoy usando, para evitar grandes enredos estoy trabajando con módulos y todo lo que corresponde a esa área lo trabajo ahí. Por ejemplo, yo crearía un área así:
Código directories:
Ver originalmodules
- default
- controllers
- models
- views
- news
- controllers
- models
- views
- other
- controllers
- models
- views
Y así no se te hace complicado a la hora de editar.