Optimizar no es ocultar los errores, si tienes ese concepto estas muy mal.
Cita: la pregunta es: "Optimizar recursos consumidos con Php y Mysql en procesos pesados", NO "cual es el mejor lenguaje de programacion para hacer esta funcion"
El hecho que se pueda optimizar el código para lograr lo que quiere va a llegara un punto en que por mas que quiera seguir optimizando el lenguaje va a llegar a un tope, trabajar con esa cantidad de datos es mucha carga para un lenguaje interpretado, ahora, no se si ya pensaron en la cantidad de procesador y memoria ram que se va a consumir?, en un hosting primero te bloquean la cuenta antes de que truenes el servidor, el buen programador no es el que hace lo que sea con el mismo lenguaje, si no el que utiliza la herramienta mas adecuada para resolver el problema de la mejor manera
Ahora, en un hosting normal jamas vas a poder ejecutar un script mas de 60 segundos, a menos que tengas un dedicado es un script que jamas vas a correr de principio a fin, los recursos que va a consumir serán desorbitados, por eso mismo eh comentado la opción de realizarlo en un programa compilado