Mira lo que podrias hacer es declarar indices los cuales van a ir recorriendo cada posicion de tu matriz y asi asignarle el valor que le corresponde a cada posicion por ejemplo:
Código PHP:
$i=0;
$j=0;
do{
$matriz[$j][$i]=$prod[id];
$matriz[$j+1][$i]=$prod[nombre];
$matriz[$j+2][$i]=$prod[cantidad];
$j=0;
$i++;
}while($prod = mysql_fetch_array($result));
aqui j representa las columnas y $i las filas o renglones.
espero te sirva .
tal vez no sea la mejor opcion pero asi lo haria.