A ver tu dices que inserta todos los checkboxs que estan dentro de la tabla dinamica, si no que tambien otros checkbox (que estan fuera de la tabla dinamica).
Entonces quizas el problema venga por la forma en que recoges los valores de los checkbox.
Postea el codigo que usas para ontener los checkbox, antes del
Código Javascript
:
Ver originalif( $c1 == "1" ) {
$c1 = "F";
} else {
$c1 = "D";
}