¿Podría ser algo así?
Código PHP:
for ($k=0; $k<$asientos; $k++){
for ($i=0; $i<5; $i++){
for ($j=0; $j<$asientos; $j++){
if ($mayor<$votos[$i][$j]){
$mayor=$votos[$i][$j];
$x=$i;
$y=$j;
}
}
}
$votos[$x][$y]=0;
$mayor=0;
}
Creo que tu problema estaba en la variable $mayor, que no la inicializas al acabar el bucle más externo y después de la primera iteración ya no entra en el if.