Depende del tipo de consultas.... si sabes como dividir de manera que las consultas solo se dirijan a una de las "partes" ganaras velocidad, pero si no es así perderás.
La optimizacion no es una cosa trivial, ni unica, depende del tipo de consultas que vayas a hacer... Una organización optima para un tipo de consultas no lo es para otro, por tanto tienes que adoptar soluciones en función de ello y solo tu puedes saber que consultas vas a hacer...
La teoria te dará herramientas
Capítulo 7. Optimización de MySQL pero siempre tendrás que tomar decisiones en funcion del uso que tienes previsto para tu bbdd.
Suerte