Hola,
Cita:
Iniciado por rafaconpu 
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He utilizado los BufferedInputStream y BufferedOutputStream y en teoría se está haciendo todo bien, al menos la lectura y la copia lo hace correctamente.
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BufferedInputStream y Output solamente agregan la funcionalidad de 'bufferar' los datos leidos por otro stream de datos; así que eso no da mucha información realmente.
Posiblemente estas usando un InputStreamReader o algo parecido para leer los bytes y este es dependiente del Charset. Prueba a usar FileInputStream como método de entrada y FileOutputStream.
Saludos,