Me pregunto yo, si no tienes errores de código php, ¿porque preguntas en este foro?
El hecho de que imprimas código HTML+JS (
lo cual no deberías hacer) con código PHP no convierte tu problema en PHP, pues el problema es que el código JS no funciona, ¿verdad?
Entonces deberías depurar tu código JS con Firebug, o algo por el estilo, no es nada de PHP.
Punto.