Para este caso creo que no puedes usar un foreach, tienes que usar un for normal
Código PHP:
for ($i=0; $i<cont($empleado); $i++){
if ($valor[$i]!='') {
$sql="INSERT INTO ".$prefix."insentivos (idinsentivos, usuario_idusuario, empleado_idempleado, valor, fecha, relsucursal) VALUES ('', '$idusuario', '$empleado[$i]', '$valor[$i]', '$fecharegistro', '$sucursal')";
$cursor=execstmt($conn, $sql);
}}
}
He supuesto que los arrays $empleado y $valor tienen la misma longitud.