Hola,
La carpeta webapps no es obligatoria, ni el nombre, es decir, puede ser que hayan instalado Tomcat de una manera diferente donde la carpeta 'raiz' sea otra, esté en otra ubicación y posiblemente con otro nombre.
Pero a lo que yo me refería es que tu aplicación está mal instalada dentro de Tomcat, porque lo archivos .java nunca deben llegar a Tomcat. Tomcat no tiene ni idea qué hacer con un archivo .java así que seguramente lo sirve como cualquier otro documento de texto.
La estructura de un archivo .war debe ser así :
http://download.oracle.com/javaee/6/...adx.html#bnady , y como te puedes dar cuenta, no hay ningún archivo .java en el web module, todo está previamente compilado antes de llegar a Tomcat (menos los JSP que son otra historia).
Saludos,