Si tus templates sólo cambian colores o cosas simples, como alguien ya te dijo, mejor usa css.
Yo para el uso de templates lo hago así:
Mi index tiene una estructura muy concreta:
encabezado
columna izquierda, central y derecha
pie
Mis templates no son mas que un conjunto de funciones predefinidas:
abre_encabezado();
cierra_encabezado;
abre_col_izq();
cierra_col_izq();
etc.
Todos mis templates tienen las mismas funciones con el mismo nombre, lo que cambia es la forma en que "dibujan" eñ html, pudiendo usar CSS.
Así mi archivo index incluye el template que esté activo y va llamando las funciones del template según convenga, por ejemplo:
Código PHP:
Ver original<?php
include("skin/mitemplate_activo.php")
abre_encabezado();
echo "Info que va en el encabezado";
cierra_encabezado();
abre_col_izq();
echo "Info que va en la columna izq.";
cierra_col_izq();
?>
Todo esto sin utilizar eval, por supuesto.
Los templates así tienen completa libertad de decidir las dimensiones de las secciones, si la estructura el fija, líquida o elástica, si usa o no tal o cual fondo, o marcos de imágenes para las secciones etc.