Esta es una de las pocas cosas que Zend tiene mal, el orden de de algunas claves importa, debería ser:
Código INI:
Ver originalresources.frontController.controllerDirectory = APPLICATION_PATH "/controllers"
resources.frontController.moduleDirectory = APPLICATION_PATH "/modules"
resources.modules[] = ""
Lo mas probable es que hayas creado el module a mano, si lo haces desde la consola esto no sucede, crea las claves en el .ini en el orden correcto.
Saludos.