Es un poco confuso lo que estás planteando, no se comprende a qué te refieres con "compartir informacion entre dos tablas ", pero por lo que dices después pareciera que estás queriendo hablando de integridad referencial. Si es así, eso es perfectamente posible en MySQL utilizando el motor de tablas InnoDB, que viene como motor por default de MySQL desde la versión 5.0.x. Para apreder a usarlo no necesitas nada más que respetar lo que dice el manual de referencia de MySQL (
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/sql-syntax.html).
En términos generales, el uso de un motor relacional tiene que ver con el uso de claves foráneas, a lo que se agregan algunas limitaciones específicas como índices FULLTEXT, que no existen en el InnoDB. Pero fuera de eso, no hay mucho más y que no se use con las tablas de tipo MyISAM.
Por otro lado, no encotrarás a nivel de SELECT diferencias en el uso de un motor u otro. No es allí donde tendrás problemas, sino con los INSERT/UPDATE/DELETE, ya que se debe respetar las dependencias determinadas por las relaciones de FK, y esto último lo tendrás con cualquier DBMS que decidas utilizar.
En cualquier caso, necesitaría que explicases un poco mejor tus dudas, o al menos qué es lo que necesitas hacer en tu proyecto, porque no parece definido.
¿Podrías explicarlo mejor?