Solo tendrías qué poner un link para que el usuario pueda reenviar cuando le sale que no esta activo, así:
Código PHP:
// Comprobando si esta inactivo
if( $datos['confirmacion'] == 0 )
{
echo "Para poder acceder debes confirmar tu cuenta de correo electrónico. si deseas reenviar el correo de confirmación da clic <a href="reenviarcorreo.php">aquí</a>';
}
Ya en el archivo para reenviar el correo solo debes ejecutar el mismo código qué hiciste para enviar el correo inicial.