Se puede hacer lo que quieras, pero no te entendí bien...
- Si quieres modificar el texto de los email
Busca los .tpl de los email, están creo que en la carpeta language/idioma/email y modificalos a tu gusto, nota que hay códigos entre llaves {...} esos códigos lo que hacen es sustituirse por un link o un nombre o cosas así.
- Si quieres modificar los headers de los email
El archivo a modificar es el emailer.php (creo que está en la carpeta includes). Busca donde se mandan los email, p. ej. busca "mail(", y modifica las cabeceras a tu gusto.
Si te hace falta más ayuda, coméntalo
Saludos
