Cita: causa raíz
java.lang.IllegalArgumentException: Archivo no encontrado
base.DSquery.query_ontology(DSquery.java:75)
http://download.oracle.com/javase/1,...Exception.html
El error es que estás pasando un parámetro no válido a una unción.
Si lees la línea anterior, ves donde se produce el problema, en tu clase DSquery.java.
Imagino que estás tratando de recuperar un fichero de una forma errónea, por lo que solo funciona en tu ordenador.