Hola:
Puedes montar el directorio remoto en algún punto en tu PC:
smbmount //myserverwindows/C$/dir /mnt/net
(Ayuda para las opciones de smbmount: man smbmount)
De esa forma puedes tratarlo desde java como si se tratara de un directorio local.
Sino te gusta esa opción puedes usar jcifs:
http://jcifs.samba.org/
Una breve intro:
http://publicajava.blogspot.com/2009...con-jcifs.html
saludos;
Nup_