Si tienes una relación N:N entre paciente y objetivo, Objetivo es una tabla, Paciente otra, y las Puntuaciones van en una tercera.
En el extremo del caso, puede ser una relación 1:N, donde las puntuaciones van en otra tabla dependiente.
Regla general de las bases de datos relacionales:
No existen campos multivaluados.
Un campo que puede contener más de un valor implica una tabla separada, dependiente de la otra, donde se ponen los valores relacionados con un mismo registro de la primera.
¿Se entiende la idea?
Cita: Es algo que creo que no debe ser dificil, pero ahora no llego a ver como hacerlo sin complicarlo mucho.
El tema no pasa por complicarlo mucho o poco. Pasa por hacerlo bien o no. SI lo simplificas, pero no respetas el modelo relacional, lo único que vas a tener son problemas en el futuro, con los datos o con las consultas, pero tenerlos los tendrás.