no es que se "replique", es que es solo UNA variable por servidor, como tienes tus 2 paginas en el mismo servidor es lógico que uses las mismas...
espero que se entienda.
ademas, si haces session_destroy() destruirás las sesiones del servidor lógicamente y se cerraran en todas tus paginas....
a ver un ejemplo
entras a la página
www.dominio.com/sistema1
aquí creas una variable de sesión $_SESSION['var']=1;
esta variable se asocia a tu servidor que es
www.dominio.com
si luego entras a
www.dominio.com/sistema2 también estará la misma sesión y si la destruyes o reescribes o lo que sea también se cambiara la de
www.dominio.com/sistema1 por que están en el mismo servidor.