CSV es lo más práctico, porque se puede cargar en una sola operación usando LOAD DATA o LOAD DATA LOCAL hacia una tabla (ver:
Curso de MySQL. Capítulo 014: Exportar e importar datos). Tiene algunos detalles de forma que respetar, tales como el formato de escritura de fechas, valores numéricos decimales, horas, etc., pero sería lo más práctico.
Ahora bien, para aconsejarte respecto al diseño de la base, que puede tener que cambiarse, sería bueno que nos mostrases el diagrama general de la base, como para darte una idea de si hay que hacer o no cambios de optimización.