Bueno ya he solucionado el problema
el tema es que en mi reguero de codigo
algo tenia mal. He revisado todo nuevamente de arriba a abajo y ha quedado algo asi:
Código PHP:
$enc = new EncryptDecrypt();
$user = $enc->encriptar($_POST['username'], $this->config->item('encryption_key'));
$pass = $enc->encriptar($_POST['password'], $this->config->item('encryption_key'));
$cond = array(
'usuario' => utf8_encode($user),
'pass' => utf8_encode($pass)
);
$this->db->query("SET NAMES 'utf8'");
$query = $this->db->get_where('usuarios', $cond);
Ahora funciona bien, gracias por la ayuda
