Holas
Podes usar
$config['uri_segment'] para indicar que parte de la uri va a leer el paginador para saber que resultados mostrar:
Algo que veo raro es que tu base_url del paginador es el mismo que del proyecto (
$config['base_url'] = base_url();). Como se llama el controlador y el metodo que hace el paginador?? y como arman las urls??.
Saludos