Holap, cómo dijo daniel, esto es más bien parte del diseño, quedaría bien en javascript o html, creo. Pero de igual forma, cuando creas el objeto de búsqueda en adsense te va a dar 2 códigos:
El primer código es así:
<form action="
tu pagina web" id="cse-search-box">
<div>
<input type="hidden" name="cx" value="
tú codigo de partner-pub" />
<input type="hidden" name="cof" value="FORID:10" />
<input type="hidden" name="ie" value="UTF-8" />
<input type="text" name="q" size="55" />
<input type="submit" name="sa" value="Buscar" />
</div>
</form>
<script type="text/javascript" src="http://www.google.co.ve/coop/cse/brand?form=cse-search-box&lang=es"></script>
el segundo código Dice: Código de los resultados de búsqueda
<div id="cse-search-results"></div>
<script type="text/javascript">
var googleSearchIframeName = "cse-search-results";
var googleSearchFormName = "cse-search-box";
var googleSearchFrameWidth = 800;
var googleSearchDomain = "www.google.co.ve";
var googleSearchPath = "/cse";
</script>
<script type="text/javascript" src="http://www.google.com/afsonline/show_afs_search.js"></script>
El segundo Es un iframe, te va a mostrar el resultado, y lo puedes localizar en cualquier parte de tu página web, Quizás haz copiado ambos códigos juntos y por eso te lo muestra bajo el codigo del buscador.
Saludos!!