Por qué no compruebas ambas variables? Así estas seguro de que el problema son las variables y no el condicional.
Código PHP:
<?php
while($f=mysql_fetch_array($r)) {
//Aqui el condicional $ex es la existencia. Si $cantidad supera a $ex entonses no lo deja comprar
echo $cantidad.'<br />';
echo $ex.'<br />';
if($cantidad > $ex) {
///Blah blah blah